Sono passati diversi anni dagli avvenimenti con protagonista Ultraman e il leggendario “Gigante di Luce” (光の巨人 Hikari no Kyojin), sparito dopo aver combattuto gli alieni giganti che invasero la Terra….

Nel 2045, dopo il crollo del capitalismo mondiale, la squadra d’élite giapponese Sezione 9 incomincia a condurre operazioni contro i crimini informatici.