Clark ritorna a Smallville come Kal-El, figlio di Jor-El, intenzionato a compiere il suo destino e ruba un cristallo Kryptoniano che appartiene a Lex. Nel frattempo Lois Lane, la cugina di Chloe, arriva a Smallville per scoprire la verità sulla morte di Chloe. Lana ritorna dall’Europa mentre Jonathan è ancora ricoverato in ospedale, in coma. Lionel Luthor è finamente in prigione e sta imparando ad adattarsi alla sua nuova vita.