J.D., Turk e Carla discutono e J.D. decide che andrà a vivere in un altro appartamento e Turk, con una frase ironica, lo ferisce profondamente, senza accorgersene. J.D. si sente offeso dalla frase e non gli rivolge più la parola, tanto che fa diventare suo amico Hooch, un chirurgo dell’ospedale che tutti prendono in giro perché molto nervoso (anche se sono loro i primi a cercare di farlo innervosire). Elliot ha ricevuto un’offerta di lavoro più una borsa di studio da parte di un altro ospedale e sta riflettendo se sia il caso di andare a lavorare da un’altra parte. Nel frattempo Kelso chiede a Jordan se vuole lavorare in ospedale come contabile e Jordan accetta, cosa che al contrario Cox non vuole perché l’ex moglie è già troppo appiccicosa. J.D. e Turk sono sempre più distaccati e ormai non si rivolgono più la parola. Carla non è per niente felice che Elliot se ne vada dal Sacro Cuore e cerca di convincerla che è una cattiva idea, anche se senza successo. Elliot difatti se ne va senza aver prima salutato nessuno. J.D. e Turk, la sera dopo, si incontrano sul tetto dell’ospedale per discutere e chiarirsi e si scusano reciprocamente ed entrambi capiscono che dal giorno dopo tutto sarebbe stato diverso, dato che Carla ha deciso che vuole un bambino e costringe Turk a metterla incinta. J.D. va quindi a vivere in un altro appartamento con Raudy. E si scopre che in realtà la lacrima che aveva sulla guancia è una goccia d’acqua caduta dal soffitto, segno di una perdita. Un momento più tardi infatti il tetto crolla e una vasca da bagno con dentro una donna e il fidanzato cadono nell’appartamento di J.D. J.D. pensa che i cambiamenti siano sempre negativi e che tocca a noi tirare fuori il meglio di loro.