Il giorno del matrimonio di Turk e Carla è finalmente arrivato, ma molte sono le cose che sembrano destinate ad andare male. Elliot è furiosa con J.D.per averle spezzato il cuore, ormai gli rivolge la parola solo per insultarlo. Turk decide di lavorare la mattina e di presentarsi alla cerimonia appena in tempo in modo da accumulare due giorni in più per la luna di miele, ma durante l’intervento sorgono delle complicazioni (non gravi) che lo obbligano a tardare e, una volta arrivato, si accorge di aver sbagliato chiesa e la cerimonia va a monte. Carla è furibonda, ma alla fine lo perdonerà e riusciranno a sposarsi grazie a un prete ricoverato al Sacro Cuore. Nel frattempo J.D., nella speranza di convincere Elliot a tornare amici, va da Sean, trovandolo disperato dal dolore, e lo convince a presentarsi dalla sua ex al matrimonio. J.D. è convinto così di aver risolto il problema, ma Elliot gli dice che non ha intenzione di rimettersi con Sean, perché se lo avesse davvero amato non lo avrebbe lasciato per lui. Sean riesce comunque a consolarsi con una botta e via con Danni, mentre Elliot dice a J.D. che non può fare niente per farsi perdonare.