Seth, il compagno di cella di T-Bag, chiede aiuto a Michael ma questi, temendo che ciò possa impedire la riuscita del suo piano, non ascolta le preghiere del ragazzo; poco dopo, Seth si suicida. Intanto arrivano al Fox River dei nuovi detenuti e T-Bag rivolge le sue attenzioni su un giovane da lui soprannominato ‘Tweener’. Nick e Veronica incontrano la vedova Steadman che rivela loro delle interessanti informazioni. Abruzzi teme di perdere l’autorità all’interno del penitenziario: Philly Falzone infatti lo ha abbandonato per non essere riuscito a farsi dare la residenza di Fibonacci, l’uomo che testimoniando il mese successivo, lo condurrà al carcere. Continua la fuga di LJ, accusato dell’assassinio della madre e del compagno di lei: i Servizi Segreti tentano di raggiungerlo ma il ragazzo, grazie ad una telefonata di Lincoln dal carcere, riesce a mettersi in contatto con Veronica e Nick, grazie ai quali si libera degli inseguitori. Mentre proseguono i lavori all’interno della stanza delle guardie, Michael decide di affrontare T-Bag e metterlo alle strette, salvando così il nuovo arrivato. La dottoressa Tancredi intanto indaga sulla situazione clinica di Michael e fa visita all’ex psicologo del ragazzo scoprendo così qualcosa in più sulla sua personalità. Abruzzi perde il comando delle P.I. a favore di Fiorello.