Gli agenti dei Servizi Segreti Paul Kellerman e Danny Hale si recano da Henry Pope, il direttore del Fox River, e gli ordinano di far trasferire Michael pena la rivelazione alla moglie di uno scottante segreto che lo riguarda. Michael allora, seguendo i suggerimenti di Westmoreland, presenta una mozione in modo da far ritardare il trasferimento di una trentina di giorni, il tempo necessario per evadere assieme al fratello. Veronica e Nick proseguono le indagini e riescono a scoprire delle interessanti informazioni circa il nastro che mostra Lincoln sparare a Steadman. I Servizi Segreti, venuti a conoscenza della mozione di Michael, si presentano a casa di Pope e lo minacciano ulteriormente: l’uomo cede e distrugge i documenti utili a procrastinare il trasferimento. Michael, intanto, è arrivato ad un nuovo passo del suo piano, ‘English, Fitz o Percy’: con l’aiuto di Sucre e Abruzzi, verifica la direzione più sicura al momento della fuga. Mentre Veronica comincia a nutrire dei dubbi su chi sia realmente Nick, Michael viene prelevato dalla sua cella per essere trasferito altrove. Il direttore osserva la scena dalla finestra del suo ufficio. Proprio nel momento in cui Michael sta per lasciare il Fox River, Pope ferma il trasferimento dicendo che il detenuto ha presentato una regolare mozione per un problema di salute (la sinusite) che trova giovamento in quella prigione e ordina alle guardie di riportarlo immediatamente in cella. I due agenti dei Servizi Segreti osservano la scena da lontano.